O SEI permitirá estabelecer a gestão de documentos de forma sistematizada por meio de:
- Produção de documentos dentro do ambiente do próprio sistema e assinatura eletrônica;
- Controle do nível de acesso, gerenciamento e o trâmite de processos e documentos restritos e sigilosos, conferindo o acesso somente às unidades envolvidas ou a usuários específicos;
- Criação de modelos de documentos e textos padrão;
- Criação de base de conhecimento dos processos (fluxo de trâmite do processo);
- Autuação do documento em qualquer unidade administrativa e tramitação em múltiplas unidades, que podem ser demandadas simultaneamente e manifestar-se no mesmo expediente administrativo;
- Acompanhamento especial do andamento dos processos de interesse da unidade;
- Controle de prazos; estatísticas da unidade e tempo do trâmite do processo;
- Assinatura de documentos por meio de blocos de assinatura;
- Organização interna de processos em bloco;
- Sobrestamento de processos;
- Pesquisa em todo teor, nos casos de processos públicos;
- Inspeção administrativa, com fornecimento de estatísticas da unidade (tais como: tempo de trâmite do processo, quantidade e tipos de documentos gerados);
- Acesso externo ao processo (gerencia o acesso de usuários externos aos expedientes administrativos que lhes digam respeito, permitindo que tomem conhecimento do teor do processo e, por exemplo, assinem remotamente contratos e outros tipos de documentos).